Để chuẩn bị cho BRT vận hành trong điều kiện giao thông hiện nay, Sở Giao thông vận tải Hà Nội lên phương án tổ chức giao thông như sau: Đối với các đoạn tuyến Ba La - Bến xe Yên Nghĩa và Giang Văn Minh - Kim Mã - phố Giảng Võ (nhỏ), thực hiện phương án tổ chức giao thông hỗn hợp cho BRT đi chung với các phương tiện khác. Đối với các đoạn tuyến phân làn BRT đi riêng như đoạn từ Ba La đến nút giao Giảng Võ - Cát Linh, tổ chức phân làn bằng vạch sơn liền kết hợp đinh phản quang, trong đó bố trí tăng dày đinh phản quang tại các đoạn nhà chờ…
Tuy nhiên, trên thực tế, tuyến đường BRT hoạt động gồm: Giảng Võ - Láng Hạ - Lê Văn Lương - Tố Hữu - Lê Trọng Tấn - Quang Trung (Hà Đông) hiện là những tuyến đường có mật độ giao thông cao nhất Thủ đô, vượt gấp nhiều lần so với số liệu tính toán khi lập dự án và lập thiết kế kỹ thuật dự án xây dựng tuyến BRT. Tại nhiều nút giao và nhiều đoạn tuyến, lưu lượng phương tiện đã vượt quá khả năng thông hành của mặt đường. Nay BRT đi vào hoạt động, trong thời kỳ đầu chắc chắn sẽ gây những xáo trộn không nhỏ, bởi làn đường dành cho những phương tiện còn lại sẽ bị thu hẹp đáng kể.
Những khó khăn là không tránh khỏi, nhưng đơn vị vận hành BRT cần kiên trì thực hiện, bảo đảm tần suất và thời gian chạy xe, chất lượng dịch vụ để khuyến khích nhiều người sử dụng phương tiện giao thông cá nhân chuyển sang dùng loại hình phương tiện giao thông công cộng này. Các lực lượng khác như Cảnh sát giao thông, Thanh tra Giao thông vận tải cần phối hợp chặt chẽ trong công tác điều hành giao thông, bảo đảm cho BRT và các phương tiện khác cùng lưu thông an toàn. Sau một thời gian vận hành thí điểm, Sở Giao thông vận tải cần sơ kết, rút kinh nghiệm, khắc phục những bất cập, điều chỉnh phương án tổ chức giao thông cho hợp lý. Có như vậy, BRT sẽ vượt qua giai đoạn khởi đầu khó khăn, đạt được mục tiêu, hiệu quả đầu tư, góp phần giảm ùn tắc giao thông trên địa bàn.
