Theo đó, Bộ Xây dựng thống nhất nội dung báo cáo của UBND thành phố Hà Nội: Dự án được triển khai theo chủ trương của Nhà nước về việc di dời cơ sở sản xuất trong khu vực nội đô. Quá trình thực hiện dự án kéo dài từ năm 2008 đến nay, nhiều lần được điều chỉnh, bổ sung theo quyết định của cấp có thẩm quyền phù hợp quy hoạch chung xây dựng Thủ đô Hà Nội (có thời điểm phải tạm dừng triển khai). UBND thành phố Hà Nội đã nghiên cứu, cân nhắc thận trọng, có tiếp thu ý kiến của Bộ Xây dựng trước khi quyết định theo thẩm quyền các chỉ tiêu quy hoạch, kiến trúc của dự án trong mối liên hệ với không gian kiến trúc, cảnh quan khu trung tâm chính trị Ba Đình. Theo Bộ Xây dựng, sai phạm của chủ đầu tư trong việc xây dựng công trình so với giấy phép được cấp (như đã nêu trong báo cáo của UBND thành phố Hà Nội) là nghiêm trọng, ảnh hưởng đến hình dáng công trình và không gian kiến trúc, cảnh quan khu vực, gây bức xúc trong dư luận xã hội. Trách nhiệm này thuộc về chủ đầu tư và các cơ quan có chức năng quản lý trật tự xây dựng đô thị trên địa bàn, đã để xảy ra việc xây dựng công trình sai phép của chủ đầu tư.
Để bảo đảm tính nghiêm minh của pháp luật về quản lý đầu tư xây dựng, tránh để xảy ra các trường hợp sai phạm tương tự, Bộ Xây dựng kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo UBND thành phố Hà Nội kiên quyết xử lý nghiêm việc xây dựng sai phép đối với chủ đầu tư theo đúng quy định của pháp luật; xem xét, xử lý trách nhiệm đối với các tổ chức, cá nhân được giao nhiệm vụ quản lý trật tự xây dựng đô thị trên địa bàn đã để xảy ra vi phạm trong quá trình xây dựng công trình; có kế hoạch, phương án, tiến độ cụ thể để sớm xử lý dứt điểm các sai phạm tại dự án này, báo cáo Thủ tướng.
