Ðối với những người làm công tác nghiên cứu lịch sử ở miền nam, tư liệu mà ông đang có về các vùng đất Nam Bộ là rất cần thiết. Trong Hội Khoa học Lịch sử TP Hồ Chí Minh, mỗi khi cần biên soạn một đề tài nào về Nam Bộ xưa, không ai có thể có được kho lưu trữ quý giá như Nguyễn Ðình Ðầu. Các công trình nghiên cứu mà ông công bố gần đây như: cuốn Về chế độ công điền công thổ trong lịch sử khẩn hoang lập ấp ở Nam Kỳ lục tỉnh, năm 1979; Bến cảng Nhà Rồng, nơi Bác ra đi tìm đường cứu nước (năm 1980), Bác Hồ với miền Nam và miền Nam với Bác Hồ (1985), Ðịa lý Lịch sử Thành phố Sài Gòn - Hồ Chí Minh (1987); Nước Ðại Nam đối diện với Pháp và Trung Hoa (1990); Nghiên cứu địa bạ Nam Kỳ lục tỉnh (1994); Nghiên cứu địa bạ các tỉnh: Vĩnh Long, An Giang, Trà Vinh; Gia Ðịnh phong cảnh và Ký ức về Sài Gòn và vùng phụ cận (1997), v.v. Ðó là những công trình đầy tâm huyết của nhà sử học Nguyễn Ðình Ðầu, nhất là các tư liệu, bản đồ cổ về Hoàng Sa - Trường Sa để khẳng định chủ quyền Việt Nam thể hiện sự dày công của người am hiểu lịch sử và giỏi tiếng Pháp.
Ðặc biệt, sau hơn nửa thế kỷ nghiên cứu địa lý, lịch sử Việt Nam, nhất là vùng đất Nam Bộ xưa, tác giả Nguyễn Ðình Ðầu đã sưu tầm hơn 3.000 tấm bản đồ Việt Nam, trong đó có hàng trăm bản đồ miêu tả rất tỉ mỉ những vùng thềm lục địa và các hải đảo của Việt Nam, nhiều bản đồ lập rất chi tiết và tỉ mỉ về các đảo thuộc hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa. Số bản đồ do nước ngoài thực hiện về thềm lục địa và hải đảo của Việt Nam, cho dù sơ sài (từ thế kỷ 15) hay thật tỉ mỉ như tấm bản đồ của hải quân Pháp, giữa thế kỷ 19, đều có một điểm chung về vùng biển này, để kết luận là hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa có từ rất lâu, hơn 500 năm trước, đã thuộc chủ quyền của Việt Nam.
Những tấm bản đồ cổ xưa mà tác giả sưu tầm được, phần lớn là bản đồ Việt Nam qua các thời kỳ (từ thế kỷ 15 đến nay) do người Việt Nam, người Trung Quốc, người châu Âu, châu Mỹ và cả Ai Cập... vẽ để phục vụ chinh chiến, đi thám hiểm. Ðể có được bộ sưu tập 3.000 tấm bản đồ cổ về Việt Nam (trong đó có rất nhiều bản đồ, chứng minh quyền sở hữu nước ta đối với các quần đảo cùng nhiều vùng biển khác), nhà nghiên cứu lịch sử Nguyễn Ðình Ðầu đã dành nhiều thời gian, công sức sưu tầm; kể cả các chuyến đi tham quan nước ngoài, cũng đều không bỏ lỡ cơ hội ấy.
Tác giả Nguyễn Ðình Ðầu đã say mê tìm kiếm trong thư tịch, trong các tài liệu cổ, đã đóng góp nhiều tư liệu, bản đồ, hình ảnh quý để trưng bày tại triển lãm Hoàng Sa - Trường Sa - Biển đảo Việt Nam vào ngày 1-9-2009, tại Nhà triển lãm TP Hồ Chí Minh. Tại đây, tài liệu trình bày chia làm ba phần: Phần bản đồ vùng thềm lục địa, hải đảo Việt Nam do chính các triều đại, Nhà nước Việt Nam thực hiện; Phần bản đồ do hải quân Pháp thực hiện giai đoạn cuối thế kỷ 19 đầu thế kỷ 20. Ðây là phần quan trọng nhất vì các bản đồ này được thực hiện khá tỉ mỉ, miêu tả chi tiết các vùng nước nông sâu, những vị trí có thể cập bến tại các đảo, vị trí các giếng nước ngọt, nơi trồng cây, khu vực đóng quân (thời Pháp), dựng nhà dân... Tất cả bản đồ này đều có tên tác giả, ngày, tháng cụ thể. Trong số đó, tấm bản đồ do nhà hàng hải Bồ Ðào Nha vẽ vào năm 1525 là xưa nhất, để có căn cứ xác định lại hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa.
Mới đây, đến thăm nhà nghiên cứu Nguyễn Ðình Ðầu cũng là để tham khảo một tư liệu cổ mà ông vừa tìm được ở Pa-ri (Pháp). Ông cho biết: Hiện vẫn còn lưu giữ hơn 200 tấm bản đồ cổ tại nhà riêng. Ðó là các bản đồ cổ, rất có giá trị, do các nhà hàng hải quốc tế vẽ qua nhiều thời kỳ, nay còn truyền lại tại Pháp và một số nước, mà ông có điều kiện sưu tầm. Ðánh giá về những cống hiến, đóng góp của nhà sử học này, năm 2009, Hội đồng giải thưởng Giáo sư Trần Văn Giàu đã tặng ông giải thưởng xuất sắc nhất về các công trình nghiên cứu.
