Theo đó, trong thời gian tới, Dự án quân dân y kết hợp tiếp tục đầu tư cho y tế cơ sở, chú trọng các xã, huyện đảo; đào tạo, tăng cường năng lực quản lý các nhóm bệnh không lây nhiễm trên cơ sở đào tạo kiến thức về y học gia đình; đào tạo cập nhật kiến thức về y học thảm họa cho y tế cơ sở và tuyến trung đoàn, sư đoàn… Việc đầu tư sẽ ưu tiên các tỉnh, thành phố ven biển có huyện đảo, xã đảo; các địa phương vùng trọng điểm là trung tâm kinh tế - xã hội của khu vực…
Mục tiêu của dự án giai đoạn 2016 - 2020 là tạo điều kiện cho người dân sinh sống ở các vùng biên giới, hải đảo, vùng đặc biệt khó khăn được tiếp cận các dịch vụ y tế có chất lượng ngày càng cao và tăng cường khả năng đáp ứng của ngành y tế trong các tình huống khẩn cấp.