Tuy nhiên, HÐNTNN lưu ý một số vấn đề sau: Ðối với gói thầu số 1 (CP1), tuyến - đoạn trên cao, việc thiết kế đi nổi từ Nhổn đến khách sạn Daewoo không những không giải quyết được ách tắc giao thông, mà còn ảnh hưởng sự phát triển lâu dài của Thủ đô. Tại vị trí ga số 8 - Cầu Giấy, lý trình km17+825, tư vấn cần nghiên cứu để đưa ra giải pháp thi công bảo đảm an toàn, tiết kiệm, không ảnh hưởng giao thông trong quá trình thi công. Do Hà Nội nằm trong vùng động đất cấp VII, việc thiết kế kết cấu thân trụ đặc dạng chữ T sẽ bất lợi khi xảy ra động đất, cho nên cần nghiên cứu bổ sung cấu tạo thân trụ để bảo đảm an toàn. Ðối với gói thầu số 2 (CP2) - các nhà ga trên cao, ga S6 và S7 bố trí trên khu vực đường phố hẹp, kết nối nhà ga với giao thông đô thị có thể gây ra sự rối loạn, do vậy cần được xem xét mở rộng. Thiết kế cũng chưa đề cập nội dung ga kết nối... Việc người đi bộ muốn sang đường phải đi qua tầng trung chuyển của nhà ga là không hợp lý. Các nhà ga thiết kế mái hình cánh chim, cao 22,2 m so với hè là chưa phù hợp khí hậu Hà Nội. Ðối với gói thầu số 5 (CP5) - công trình kiến trúc đề-pô, cần lưu ý giải pháp thoát nước mái do sàn mái lớn, nên tổ chức thu nước và phân chia mái theo các ô nhỏ để tránh tạo ra các ứng suất do nhiệt...
HÐNTNN yêu cầu chủ đầu tư cần rà soát lại hồ sơ thiết kế kỹ thuật các gói thầu để hiệu chỉnh những bất cập như đã nêu trên; cần kiểm tra, tham khảo kinh nghiệm từ các dự án khác để đưa ra phương án tính toán chống động đất tối ưu nhất.
