Theo đó, về các nội dung tố cáo theo Văn bản số 1419 ngày 17-2-2017 của Văn phòng Chính phủ theo chỉ đạo của Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình về việc điều chỉnh hợp đồng gói
tăng thêm 6.506.555 ơ-rô, TTCP cho biết: Hợp đồng trọn gói dịch vụ tư vấn thực hiện dự án, ngay khi được triển khai đã nảy sinh các tồn tại, bất cập, bất hợp lý làm phát sinh những vướng mắc giữa các bên (Ban Quản lý Ðường sắt đô thị Hà Nội - MRB, Tư vấn Systra, các cơ quan thẩm quyền phía Việt Nam và các đơn vị liên quan khác), trong nội dung của hợp đồng trọn gói đã có sự bất cập, thiếu sót, nhiều nội dung không rõ ràng, dẫn đến việc hiểu khác nhau giữa các bên. Ngoài ra, việc hiểu nghĩa nội dung giữa bản tiếng Việt và bản tiếng Anh của các bên cũng có những điểm khác nhau nhất định. Dự án có quy mô lớn và phức tạp, đầu tiên áp dụng công nghệ và tiêu chuẩn mới của nước ngoài vào Việt Nam, nhưng hợp đồng chỉ xác định thời gian 25 tháng, với tổng giá trị 10.613.852 ơ-rô là không khả thi, khó đáp ứng và chưa lường hết được các yêu cầu trong việc thực hiện dự án đặc biệt này. Một số nội dung điều chỉnh tăng giá trị hợp đồng, nhưng không tăng nhiệm vụ, mà chủ yếu do quá trình thực hiện nhiệm vụ của Systra bị chậm trễ kéo dài so với tiến độ hợp đồng trọn gói ban đầu, vì các nguyên nhân khách quan và chủ quan, cho nên Tư vấn Systra phải huy động nhân sự và chi phí cho thời gian kéo dài, dẫn đến phát sinh tăng chi phí... Trách nhiệm thuộc lãnh đạo MRB qua các thời kỳ, các đơn vị thuộc MRB và tập thể, cá nhân có liên quan; các sở: Quy hoạch Kiến trúc, Kế hoạch và Ðầu tư. Ðể xảy ra việc chậm trễ kéo dài trong quá trình thực hiện các công việc dự án, dẫn đến làm tăng chi phí…
Ðối với nội dung bổ sung theo đơn tố cáo của ông Lương Xuân Bình ghi ngày 19-5-2017, gửi Ðoàn Thanh tra khi làm việc, về việc tổ chức lựa chọn nhà thầu thực hiện các gói thầu số 1, gói thầu số 3, gói thầu số 6; TTCP nêu rõ: Ðối với nội dung tố cáo việc lựa chọn nhà thầu thực hiện gói thầu số 1, Ðoạn tuyến trên cao, có dấu hiệu vi phạm pháp luật là có cơ sở… Trách nhiệm thuộc lãnh đạo của MRB qua các thời kỳ, các đơn vị thuộc MRB và tập thể, cá nhân liên quan. Ðối với nội dung tố cáo việc lựa chọn nhà thầu thực hiện gói thầu số 3, hầm và các ga ngầm có dấu hiệu vi phạm pháp luật là có cơ sở. Nhà thầu JV và MRB đã ký hợp đồng thi công gói thầu số 3 khi chưa có mặt bằng sạch bàn giao cho nhà thầu để thi công. Nhà thầu JV đề nghị bổ sung chi phí vào giá hợp đồng dựa trên "Kế hoạch thi công sơ bộ" đã được xây dựng trên các mốc thời gian bàn giao mặt bằng công trình và đã được chứng thực. Tuy nhiên, đến thời điểm thanh tra vẫn chưa hoàn thành bàn giao đầy đủ mặt bằng... Việc chậm bàn giao mặt bằng cho nhà thầu theo hợp đồng, dẫn đến nhà thầu phải điều chỉnh kế hoạch triển khai theo hợp đồng đã ký, do đó nhà thầu yêu cầu bổ sung khoản kinh phí cho việc này khoảng 40 triệu USD, nguy cơ gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước, vi phạm Luật Ðấu thầu. Trách nhiệm thuộc về lãnh đạo của MRB qua các thời kỳ, các đơn vị thuộc MRB và tập thể, cá nhân có liên quan…
Ðối với dấu hiệu trù dập, loại bỏ người đấu tranh chống tham nhũng, lãng phí thông qua công tác cán bộ; không bảo vệ người tố cáo theo quy định pháp luật, TTCP cho biết: Các nội dung ông Bình nêu trong đơn tố cáo, qua thanh tra cho thấy một số nội dung tố cáo là có cơ sở.
Về việc không bảo vệ người tố cáo theo quy định của pháp luật, thực hiện yêu cầu của ông Bình nêu trong đơn, Trưởng đoàn thanh tra đã báo cáo người ra quyết định thanh tra và tiến hành trao đổi nội dung với lãnh đạo MRB. Tuy nhiên, đến thời điểm thanh tra, ông Bình chưa cung cấp được những dấu hiệu cho thấy bị xâm hại hay đe dọa bản thân và gia đình ông.
Tổng TTCP đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các bộ, ngành Trung ương và Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội thực hiện nhiều nội dung công việc, trong đó, cần rà soát lại trách nhiệm của Tư vấn Systra trong việc thực hiện nhiệm vụ theo hợp đồng trọn gói trước khi điều chỉnh, để xác định chi phí vật chất thuộc trách nhiệm phần lỗi của tư vấn và thực hiện giảm trừ khi quyết toán. Rà soát trách nhiệm vật chất của các đơn vị liên quan trong quá trình thực hiện dự án, gây chậm trễ kéo dài dẫn đến phát sinh tăng chi phí và thực hiện việc giảm trừ khi quyết toán hợp đồng. Kiểm tra, rà soát và chủ động xử lý khắc phục những tồn tại, vướng mắc tại các gói thầu của dự án nếu có, báo cáo UBND thành phố xin ý kiến chỉ đạo các trường hợp vượt quá thẩm quyền, kịp thời chấn chỉnh các vi phạm nếu có, đồng thời xử lý trách nhiệm đối với các tập thể cá nhân có liên quan để xảy ra các vi phạm...
Ðề nghị Thành ủy Hà Nội xem xét lại quá trình công tác, bảo đảm quyền lợi cho ông Lương Xuân Bình.
UBND thành phố Hà Nội tổ chức kiểm điểm và chỉ đạo MRB, Sở Kế hoạch và Ðầu tư Hà Nội, Sở Quy hoạch - Kiến trúc Hà Nội kiểm điểm trách nhiệm của tập thể, cá nhân qua các thời kỳ có liên quan các vi phạm nêu tại kết luận thanh tra. Căn cứ vào kết quả kiểm điểm, có biện pháp xử lý đối với tập thể, cá nhân trong việc thực hiện chức năng nhiệm vụ được giao.
