Theo Chi cục Đê điều và Phòng, chống lụt bão tỉnh Thanh Hóa, bình quân mỗi năm tỉnh thu được khoảng 25 đến 30 tỷ đồng cho Quỹ Phòng, chống thiên tai, đối tượng đóng góp là doanh nghiệp, người hưởng lương từ ngân sách. Là tỉnh thường xuyên bị thiệt hại nặng nề do thiên tai gây ra, hơn 80% nguồn Quỹ Phòng, chống thiên tai được phân bổ, bố trí cho các địa phương khắc phục thiệt hại. Với định mức hỗ trợ dưới một tỷ đồng cho mỗi công trình theo quy định, nhằm khắc phục hệ thống mương, đập thủy lợi nhỏ, công trình nước sạch, trường học, trạm y tế bị hư hỏng do thiên tai gây ra. Mấy năm qua, nguồn quỹ này chủ yếu bố trí khắc phục các công trình nước sạch của hộ dân, cụm dân cư ở các huyện: Mường Lát, Quan Hóa, Quan Sơn bị hư hỏng sau thiên tai. Ngoài ra, từ nguồn quỹ, tỉnh đã hỗ trợ các địa phương, đơn vị và Văn phòng thường trực Phòng, chống thiên tai và Tìm kiếm cứu nạn xử lý sự cố đê điều, mua sắm trang thiết bị, cơ sở vật chất, từ nguồn Quỹ Phòng, chống thiên tai với tổng kinh phí hơn 12 tỷ đồng. Trong đó, riêng khắc phục 11 công trình đê điều bị hư hỏng là hơn 11 tỷ đồng. Đến nay, các công trình đã được triển khai thi công hoàn thành, bảo đảm tiến độ, chất lượng, kịp thời đưa vào phục vụ công tác phòng, chống lụt bão, góp phần hạn chế đến mức thấp nhất thiệt hại do mưa lũ, bão gây ra.
Giám đốc Ban quản lý Quỹ Bảo vệ, phát triển rừng và Phòng, chống thiên tai tỉnh Thanh Hóa Lê Công Cường đánh giá, nguồn Quỹ Phòng, chống thiên tai đã thiết thực khắc phục nhanh các cơ sở hạ tầng thiết yếu bị hư hỏng, góp phần sớm ổn định sản xuất, đời sống nhân dân vùng bị thiệt hại do thiên tai. Tuy nhiên, phương thức thu chủ yếu là vận động, thuyết phục và định mức hỗ trợ khắc phục thấp. Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đề nghị lãnh đạo tỉnh chỉ đạo các sở, ngành, UBND các huyện, thị xã, thành phố quán triệt, tiếp tục thực hiện nghiêm việc đóng quỹ trong phạm vi quản lý; theo dõi, đánh giá mức độ hoàn thành nhiệm vụ trong việc tổ chức thu, nộp quỹ; có văn bản chỉ đạo quán triệt đến các tổ chức kinh tế trong nước và nước ngoài, nhất là các doanh nghiệp cùng trách nhiệm, nghiêm túc tham gia xây dựng quỹ. Hiện, mỗi năm tỉnh Thanh Hóa tăng thu khoảng một đến hai tỷ đồng Quỹ Phòng, chống thiên tai và cũng chưa xử lý được trường hợp nào cố tình trốn đóng, trì hoãn trách nhiệm đóng góp quỹ.
Thực tế chứng minh, Quỹ Phòng, chống thiên tai đã phát huy tác dụng trong công tác giảm thiệt hại qua các mùa mưa, bão. Tuy nhiên, do nguồn kinh phí bản chất là nguồn thu xã hội hóa, do chưa có cơ chế khuyến khích công tác thu, cho nên chưa tạo động lực, chưa gắn được vai trò, trách nhiệm của chính quyền địa phương và cơ quan quản lý thuế trong việc quản lý, đôn đốc thu, nộp quỹ đối với các tổ chức hạch toán độc lập (các doanh nghiệp). Mặt khác, một số địa phương, đơn vị, doanh nghiệp chưa thật sự quan tâm trong công tác thu, nộp quỹ; công tác thông tin, tuyên truyền còn hạn chế... dẫn đến kết quả thu, nộp đạt thấp, nộp số tiền thu được về quỹ cấp tỉnh chưa đúng thời hạn. Đặc biệt, việc thu khoản đóng góp theo giá trị tài sản của doanh nghiệp và người lao động làm việc trong các doanh nghiệp gặp rất nhiều khó khăn, do ý thức chấp hành pháp luật của người đứng đầu doanh nghiệp chưa tốt; chưa có hướng dẫn cụ thể về trình tự, thủ tục, hồ sơ đề nghị xét miễn, giảm, tạm hoãn đóng góp Quỹ Phòng, chống thiên tai của doanh nghiệp.
Để việc thu phí cũng như hỗ trợ từ Quỹ Phòng, chống thiên tai được đồng bộ, hiệu quả và thống nhất, trong thời gian tới, các cấp chính quyền trên địa bàn tỉnh Thanh Hóa cần có quy định cụ thể về quy trình thực hiện, quy mô hỗ trợ, mức hỗ trợ và trách nhiệm của cơ quan, đơn vị có liên quan trong tổ chức thực hiện. Thực tế hiện nay, nhiều địa phương thường xuyên bị ảnh hưởng của thiên tai nhưng nguồn thu quỹ lại không đáng kể, điển hình như các địa phương miền núi, vùng sâu, vùng xa. Trong khi một số địa phương ít bị ảnh hưởng bởi thiên tai nhưng nguồn thu quỹ lại lớn, tập trung ở vùng đồng bằng, nơi nhiều doanh nghiệp, cơ quan, dân cư. Do đó mức phân bổ Quỹ Phòng, chống thiên tai tại các cấp cần có quy định linh hoạt tùy theo thực tế của các địa phương.
