Trong suốt quá trình công tác, GS,TS Huỳnh Thị Phương Liên luôn phấn đấu, nỗ lực, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ sản xuất các loại vắc-xin, như: tả, thương hàn, đậu mùa… Ðồng thời, tích cực tham gia nghiên cứu khoa học và đã có 112 công trình khoa học được công bố trên các tạp chí khoa học trong và ngoài nước; tham gia 12 đề tài nghiên cứu khoa học cấp nhà nước, trong đó đã tiếp nhận công nghệ sản xuất vắc-xin viêm não Nhật Bản (VNNB) thế hệ 1, tổ chức sản xuất thành công và đưa vào chương trình Tiêm chủng mở rộng quốc gia từ năm 1997, góp phần làm giảm tỷ lệ mắc VNNB, giảm tỷ lệ tử vong và di chứng thần kinh, giảm gánh nặng cho gia đình và
xã hội…
Với những cống hiến của mình, GS,TS Huỳnh Thị Phương Liên đã được tặng nhiều giải thưởng, Huân chương Lao động hạng ba, Huân chương Kháng chiến hạng ba và nhiều huân, huy chương, phần thưởng cao quý khác của Ðảng, Nhà nước, Chính phủ, Bộ Y tế…
Tại buổi lễ, thay mặt lãnh đạo Ðảng, Nhà nước, Phó Chủ tịch nước Ðặng Thị Ngọc Thịnh trao danh hiệu Anh hùng Lao động thời kỳ đổi mới tặng Thầy thuốc Nhân dân, GS, TS Huỳnh Thị Phương Liên, Chuyên gia cao cấp Công ty Vabiotech vì đã có thành tích đặc biệt xuất sắc trong lao động, sáng tạo giai đoạn 2009 - 2019, góp phần vào sự nghiệp xây dựng chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ quốc.
