Trong bối cảnh đất nước mở cửa vào năm 1986, trước yêu cầu đổi mới và nhu cầu về nguồn nhân lực cán bộ kỹ thuật có trình độ cao ở lĩnh vực Kỹ thuật Hạ tầng và Môi trường, tháng 2-1989, Khoa Kỹ thuật môi trường – Trường Đại học Xây dựng chính thức được thành lập.
Khi đó, Khoa được xây dựng với mô hình kết hợp giữa đào tạo - nghiên cứu và triển khai ứng dụng thực tế. Vào thời điểm mà khái niệm bảo vệ môi trường mới bắt đầu được nhận thức rõ ràng, mô hình Khoa-Trung tâm đã thúc đẩy mạnh mẽ các hoạt động nghiên cứu của cán bộ giảng viên trong khoa, tác động mạnh mẽ vào sự chuyển đổi các nội dung đào tạo, đồng thời, đưa nhiều giải pháp kỹ thuật, công nghệ trong lĩnh vực kỹ thuật môi trường vào cuộc sống, gắn bó chặt chẽ với xu thế vận động và phát triển về cơ sở hạ tầng, kỹ thuật môi trường trên thế giới.
Với hơn 5.000 kỹ sư; hơn 400 Thạc sĩ Kỹ thuật; trên 30 Tiến sĩ Công nghệ Môi trường, Cấp thoát nước được đào tạo bởi Khoa Kỹ thuật môi trường, đã góp phần phục vụ cho công cuộc xây dựng và bảo vệ đất nước.
Nhiều thành tựu trong nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ với các hướng nghiên cứu mũi nhọn đã được ứng dụng hiệu quả trong thực tế phát triển của đất nước ta như nghiên cứu phát triển, ứng dụng và chuyển giao công nghệ xử lý nước, xử lý nước thải/chất thải chi phí thấp, các giải pháp công nghệ tiên tiến và phù hợp với điều kiện Việt Nam hướng tới an ninh năng lượng, bảo vệ môi trường và sức khoe cộng đồng; Nghiên cứu, phát triển các mô hình quản lý tài nguyên và môi trường bền vững thích ứng biến đổi khí hậu; Nghiên cứu các giải pháp tối ưu cho hệ thống kỹ thuật trong công trình, tối ưu hóa chất lượng môi trường và năng lượng sử dụng, giảm thiểu phát thải carbon trong các công trình xây dựng. Ngoài ra, Khoa cũng đã có những đóng góp quan trọng vào các chương trình trọng điểm nhà nước về quản lý môi trường khu công nghiệp và đô thị, kiểm soát sự cố ô nhiễm, phục vụ hiệu quả cho công tác quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường.
