Hoạt động giao thương và vận tải biển của thành phố chủ yếu diễn ra trên luồng sông Lòng Tàu.
Tuy nhiên, luồng sông Lòng Tàu lại có nhiều điểm hạn chế như luồng nhỏ, hẹp, các phương tiện có sức chuyên chở lớn không thể lưu thông qua đây nên việc vận chuyển, lưu thông hàng hóa giữa TP Hồ Chí Minh và các tỉnh, thành phố lân cận cũng như các nước trong khu vực rất hạn chế. Điều này đã ảnh hưởng không nhỏ đến hoạt động chung của nền kinh tế cũng như tạo sức ép lên vận tải đường bộ vốn đang quá tải. Đến khi thành phố có chủ trương di dời các cảng biển ra khu vực ngoại thành, đồng thời nâng khu vực cảng Hiệp Phước thành cụm đô thị cảng thì những vướng mắc tồn tại lâu nay trong vận tải biển mới có hướng giải quyết một cách căn cơ.
Việc tàu có tải trọng hơn 50 nghìn tấn cập cảng SPCT được xem là thành quả của dự án nạo vét luồng Soài Rạp (giai đoạn hai) được thi công từ ngày 1-4-2013 có tổng chiều dài luồng là 54 km với điểm đầu tại km 0 cách cảng SPCT khoảng ba km về phía hạ lưu; điểm cuối tại km 54 nằm ở phía nam thị trấn Cần Thạnh (huyện Cần Giờ) cách khoảng 12 km; độ sâu nạo vét là -9,5 m, khối lượng nạo vét hơn 12 triệu m 3 . Theo kế hoạch, dự kiến đến ngày 5-6 năm nay dự án mới được hoàn thành. Tuy nhiên, do nhu cầu vận chuyển vào các cảng khu vực Hiệp Phước của các hãng tàu quá cấp thiết nên Sở Giao thông vận tải TP Hồ Chí Minh đã chỉ đạo Ban Quản lý đầu tư dự án nạo vét luồng Soài Rạp đẩy nhanh tiến độ thi công để bảo đảm an toàn đưa luồng vào khai thác. Đánh giá về sự kiện này, Giám đốc Sở Giao thông vận tải TP Hồ Chí Minh Tất Thành Cang nhấn mạnh: "Có thể xem đây là điểm mốc đánh dấu bước phát triển mới của khu công nghiệp Hiệp Phước, đáp ứng nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội của thành phố trong tương lai".
Theo Sở Giao thông vận tải thành phố, việc đưa vào khai thác luồng Soài Rạp vượt tiến độ đã đáp ứng nhu cầu bức thiết của các hãng tàu và cảng, đồng thời chứng minh hiệu quả đầu tư luồng Soài Rạp và khả năng phát triển các cảng cửa ngõ quốc tế hiện đại, đáp ứng nhu cầu phát triển vận tải biển của TP Hồ Chí Minh; phù hợp với chủ trương phát triển về phía nam, tiến ra biển của thành phố; phát huy thế mạnh đặc thù sông nước, tạo điều kiện phát triển hệ thống cảng biển trên sông Soài Rạp, gần nhất là cảng Tân Cảng - Hiệp Phước sẽ hoàn thành đưa vào khai thác vào tháng 11-2014, tiếp theo là cảng Sài Gòn - Hiệp Phước vào đầu năm 2016 và các cảng khu vực hạ lưu Hiệp Phước.
Theo Phó Tổng Giám đốc cảng SPCT Nguyễn Lê Chơn Tâm, ngay khi luồng Soài Rạp đưa vào khai thác đã có nhiều doanh nghiệp vận tải đăng ký đưa tàu vào cập cảng để vận chuyển hàng hóa, đồng thời đặt vấn đề mở các tuyến vận chuyển thẳng từ TP Hồ Chí Minh đến các thị trường lớn trên thế giới mà không phải thông qua cảng trung gian khác.
Việc nạo vét luồng Soài Rạp sẽ kích thích kinh tế biển TP Hồ Chí Minh phát triển, vì thông qua luồng này sẽ rút ngắn khoảng 30 km (tương đương hai giờ chạy tàu), giúp giảm đáng kể chi phí hoa tiêu, nhiên liệu, chi phí vận chuyển... cho các doanh nghiệp vận tải. Đây cũng sẽ là tín hiệu tốt nhằm tạo điều kiện để phát triển hệ thống cảng trên sông Soài Rạp mang tính liên kết các tỉnh lân cận bao gồm Long An và Tiền Giang.
Sở Giao thông vận tải thành phố cũng cho biết thêm: Thời gian tới, việc nạo vét sẽ tiếp tục được tiến hành để trong tương lai không xa có thể đón tàu có trọng tải 70.000 đến 80.000 tấn cập cảng.
