Tại phiên tòa phúc thẩm, trong quá trình xét xử, bị cáo Khương Ngọc Chất đã xin thay đổi nội dung kháng cáo từ kháng cáo kêu oan sang kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt; bị cáo Nguyễn Quang Vinh xin thay đổi nội dung kháng cáo từ kêu oan sang kháng cáo đề nghị xem xét lại tội danh và mức hình phạt. Trong vụ án này, bị cáo Nguyễn Quang Vinh chỉ thừa nhận hành vi “Thiếu trách nhiệm trong khi thi hành công vụ gây hậu quả nghiêm trọng”, không nhận tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Sau khi xem xét toàn diện nội dung vụ án, căn cứ vào tính chất mức độ, hành vi phạm tội và thái độ thành khẩn khai báo, ăn năn hối lỗi của các bị cáo, Hội đồng xét xử Tòa án nhân dân cấp cao đã chấp nhận kháng cáo của các bị cáo Khương Ngọc Chất và Ðỗ Mạnh Tuấn, sửa một phần bản án sơ thẩm và tuyên phạt bị cáo Khương Ngọc Chất mức án 5 năm tù (giảm một năm tù so với bản án sơ thẩm) về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”; tuyên phạt bị cáo Ðỗ Mạnh Tuấn mức án sáu năm tù về tội “Nhận hối lộ” (giảm một năm so với bản án sơ thẩm) và giữ nguyên mức án ba năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”. Tổng hợp hình phạt cho cả hai tội danh mà bị cáo Ðỗ Mạnh Tuấn phải chấp hành là chín năm tù giam. Ðồng thời không chấp nhận kháng cáo, giữ nguyên mức hình phạt tám năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” như bản án sơ thẩm đã tuyên phạt đối với bị cáo Nguyễn Quang Vinh.