Theo điều lệ giải, các đội V.League sẽ không được sử dụng ngoại binh ở giải đấu này để có sân chơi công bằng với các đội hạng nhất. Trận đấu tâm điểm ở lượt đấu vòng loại là cuộc đối đầu giữa đội đang đứng đầu bảng xếp hạng V.League Hoàng Anh Gia Lai (HAGL) và An Giang (đang đứng cuối bảng hạng nhất), bởi HAGL chưa một lần đăng quang giải đấu này trong lịch sử.
Lâu nay, Cúp Quốc gia được cho là kém hấp dẫn do sự chênh lệch trình độ quá lớn giữa các đội V.League và hạng nhất. Tuy nhiên, ở mùa giải này có những khác biệt đáng kể. Bên cạnh việc đội V.League không được sử dụng ngoại binh, giải đấu V.League đã diễn ra được 10 vòng và đây là thời điểm các đội V.League bước vào những trận đấu quyết định theo thể thức thi đấu mới, nên buộc phải cân đối lực lượng khi tham gia Cúp Quốc gia.
Trên sân Pleiku, HAGL với đội hình II đã chơi hoàn toàn bế tắc trong hơn 70 phút, thậm chí còn bị An Giang dẫn bàn trước và phải đến khi HLV Kiatisak tung vào sân các cầu thủ của đội hình chính, đội bóng phố núi mới cân bằng được thế trận để lội ngược dòng thắng lại với tỷ số 2-1. Trên sân Cần Thơ, B.Bình Dương cũng thi đấu chật vật, bị Cần Thơ dẫn trước ngay từ hiệp một và phải đến cuối hiệp hai mới gỡ hòa, tuy nhiên B.Bình Dương đã bị Cần Thơ loại ở loạt sút luân lưu với tỷ số 4-2. Sông Lam Nghệ An bị Phố Hiến loại với tỷ số 1-0, trong khi Bình Định thua Long An 1-2. Hai đội V.League khác cũng bị loại là Sài Gòn FC (thua Quảng Nam với tỷ số 2-3) và Thanh Hóa thậm chí thua Đắk Lắk tới 0-3. Như vậy, sau vòng loại trực tiếp, có tới bảy đội hạng nhất lọt vào vòng 1/8.
Cúp Quốc gia 2021 trở nên hấp dẫn hơn khi các đội V.League không còn ưu thế quá lớn so đội hạng nhất và trong bối cảnh nhiều đội phải giữ sức cho V.League, cơ hội cho các đội hạng nhất đạt thành tích cao là rất rõ ràng. Giải đấu cũng là cơ hội để các cầu thủ trẻ V.League thử sức trước khi quay lại với các vòng đấu căng thẳng và khốc liệt tại V.League 2021.
